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回鹘式蒙古文文献研究主要以文献整理，转写，注释等方法为主。从目前的回鹘式蒙古文文献收集和整理情况来看，时间上最早的是《也松格碑》（也叫《成吉思汗石碑》），研究表明该文献刻的时间为1224年末或1225年
初，此碑现存列宁格勒爱尔米塔什博物馆。1818年俄罗斯考古工作者在俄罗斯境内的额尔古纳河西支流乌龙留贵河流域的吉尔吉拉古城附近发掘出了该石碑。碑文以回鹘式蒙古文刻写，译成汉语为“成吉思汗讨掳萨尔塔兀拉人还师，大蒙古国全体官员聚会于不哈速只忽（地名）之际，也松格射，矢中三百三十五庹远”。中世纪蒙古文文献记载了大量有关语言文字、社会、历史、经济、医药学、宗教等各个方面的记录，凝聚着我们民族的文化，生活习俗，历史等重要部分。主要分布在我国的内蒙古、北京、甘肃、新疆、河南、云南等
省份和蒙古国、俄罗斯、丹麦、德国、芬兰、法国、土耳其等国家。至于蒙古族最初采用回鹘字母拼写蒙古语时使用多少个字母，至今尚未发现记载。后人对回鹘式蒙古文文献进行分析，归纳其字母总数为19个。基于目前的研究现状，尤其基于中古阶段及其古典书面语和现代阶段蒙古语的发展的规律，逐渐逆向推进，总结出其某些现象和规律是可能的。
回鹘式蒙古语的理论的综合研究，到目前为止还是一个很不系统的领域，许多方面有待发掘研究。另一方面现代蒙古语的理论研究相对的达到了较高的程度，因此很容易造成类推和套用，忽视古代与现代间的个异特性。特别应该忌讳的是，先有结论后找根据。